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sexta-feira, agosto 28, 2009

Eu, biólogo? A vingança de Roberto Takata


Minha produção bibliográfica está ficando cada vez mais biológica. Depois do PloS Computational Biology Active dendrites enhance neuronal dynamic range, com Leonardo Gollo e Mauro Copelli, agora um BMC Bioinformatics. Já me chamaram de neurocientista e de estatístico, daqui a pouco vão acabar me chamando de "biólogo"... E eu vou ter que retirar todas as provocações que fiz ao Roberto Takata!

Um artigo feito em colaboração com minha ex-orientada de doutorado, Mônica Campiteli, e o grupo da Farmácia onde ela faz o pós-doutorado.

A reliable measure of similarity based on dependency for short time series: an application to gene expression networks.

Monica G Campiteli email, Frederico M Soriani email, Iran Malavazi email, Osame Kinouchi email, Carlos A B Pereira email and Gustavo H Goldman email

BMC Bioinformatics 2009, 10:270doi:10.1186/1471-2105-10-270

Published:28 August 2009

Abstract (provisional)

Background

Microarray techniques have become an important tool to the investigation of genetic relationships and the assignment of different phenotypes. Since microarrays are still very expensive, most of the experiments are performed with small samples. This paper introduces a method to quantify dependency between data series composed of few sample points. The method is used to construct gene co-expression subnetworks of highly significant edges.

Results

The results shown here are for an adapted subset of a Saccharomyces cerevisiae gene expression data set with low temporal resolution and poor statistics. The method reveals common transcription factors with a high confidence level and allows the construction of subnetworks with high biological relevance that reveals characteristic features of the processes driving the organism adaptations to specific environmental conditions.

Conclusions

Our method allows a reliable and sophisticated analysis of microarray data even under severe constraints. The utilization of systems biology improves the biologists ability to elucidate the mechanisms underlying celular processes and to formulate new hypotheses.

The complete article is available as a provisional PDF. The fully formatted PDF and HTML versions are in production.


Foto: The single-celled fungus Saccharomyces cerevisiae, also known as brewer's yeast. Image courtesy David Byres, Florida Community College at Jacksonville.

Brewer's yeast itself is not pathogenic. Nevertheless, "yeast cells make a great 'model organism' for this research because they're easily handled, thoroughly studied, and their genome has been completely mapped," says Nickerson, the principal investigator of Yeast GAP. Furthermore, brewer's yeast shares much of its DNA with infectious species of microscopic fungi and protozoans. "Also, the yeast's genome is relatively simple, which makes the results easier to analyze," she says.

Still, the challenge is formidable. The brewer's yeast genome contains 6,312 genes, each of which produces one of the proteins that constitute the molecular machinery of the cell. To get a grip on this immense complexity, the researchers will send up 6,312 variants of the single-celled yeast. Each variant has a different gene "knocked out" and replaced with a unique "barcode" pattern of custom-made DNA. This barcode DNA does not encode a protein; it merely serves as a tag distinguishing that particular variant from all the others.

Apenas por associação de idéias... micróbios, espaço, virulência. A foto mostra que a dinâmica de colonização feita pelo fungo não é uniforme, mas produz buracos de ocupação bastante grandes. Lembra o meu modelo de colonização galáctica (as civilizações tecnológicas são os fungos do universo?), onde a presença desse tipo de buraco colonizatório explica o Paradoxo de Fermi: nós estariamos dentro de um deles, e portanto não adianta procurar civilizações ou mesmo planetas similares à Terra nas proximidades do sistema solar.

4 comentários:

none disse...

Circunlóquio: A Quadrilha ou A Tautologia
(ou A Dança das Cadeiras ou Eu Coço as suas Costas, Você Coça as Minhas ou Elas por Elas ou Reação em Cadeia ou Um Dia da Caça, Outro do Caçador ou A Corrida Celeste de Orion e Scorpio, ou O Cão Tentando Morder o Próprio Rabo ou O Sonho de Kekulé ou Le Grand Carrousel ou A Teoria do Ovo e da Galinha ou A Síndrome do Eterno Recomeço, outrossim A Teoria da Iluminação Recíproca)

Parte I

"The problem with chemistry is that it is too difficult for chemist."1
Frase atribuída a Albert Einstein

A Química é muito difícil para os químicos, dizem os físicos.

A Física é muito difícil para os físicos, dizem os matemáticos.

A Matemática é muito difícil para os matemáticos, dizem os filósofos.

A Filosofia é muito difícil para os filósofos, dizem os historiadores.

A História é muito difícil para os historiadores, dizem os sociolólogos.

A Sociologia é muito difícil para os sociólogos, dizem os psicólogos.

A Psicologia é muito difícil para os psicólogos, dizem os neurologistas.

A Neurologia é muito difícil para os neurologistas, dizem os biólogos.

A Biologia é muito difícil para os biólogos, dizem os químicos.

Parte II

Ceci n'est pas (encore) une pipe.2
Put that in your pipe and smoke it!.3
Índio chegou trazendo novidade. Índio trouxe cachimbo da paz.4

Parte III

As rosas não falam. Simplesmente as rosas exalam o perfume que roubam de ti.5
What's in a name? That which we call a rose by any other name would smell as sweet.6
A rose is a rose is a rose.7

1 'O problema da Química é que ela é muito complicada para os químicos.'
2 'Isto não é (ainda) um cachimbo' – Paródia sobre título de obra de René Magritte.
3 'Enfie em seu cachimbo e fume!' – desconheço o autor.
4 'Cachimbo da Paz', Gabriel - o Pensador, Memê e Bollado Emecê in Quebra-cabeça, 1997, Chaos/Sony Music.
5 'As Rosas não Falam', Cartola.
6 'Romeo and Juliet' (Ato 2, Cena 2), William Shakespeare
7 'Sacred Emily', Gertrude Stein, 1913


[]s,

Roberto Takata

Osame Kinouchi disse...

Não entendi quase nada do comentário, acho que sou meio Sheldan... Seria um oferecimento de cachimbo da paz?

none disse...

Em uma frase: "as múltiplas disciplinas apenas procuram analisar diferentes aspectos de uma única e mesma natureza".

[]s,

Roberto Takata

none disse...

Ah, sim, e daqui a pouco terá que acompanhar o blogue do Rebelo: http://scienceblogs.com.br/vqeb/
-----

[]s,

Roberto Takata