quinta-feira, julho 31, 2008

O Quincunx

Acho que não havia posto ainda no blog a performance do Roque na Ex-Posição de 2007 do DFM. Depois coloco um link para o livro Borgeano do Roque "O Quincunx".

Para quem não sabe o que é QUINCUNX, favor consultar o ORÁCULO (ver origem do nome aqui)

terça-feira, julho 29, 2008

Pikachu na Ciência

Enquanto eu estava dando uma olhada na Nature Neuroscience, meu filho Leonardo me mostrou a foto anexa, que ele encontrou fazendo buscas no Google. Ele aprendeu a fazer isso nos últimos dois meses, e acho que isso corresponde a um rito de passagem como quando o filho aprendia a ler antigamente!.

Nature Neuroscience Reviews

Unraveling the ribbon synapse pp857 - 859

Jakob S Satz and Kevin P Campbelldoi:10.1038/nn0808-857

A new study identifies pikachurin, a previously-unknown dystroglycan-binding protein that is critical for the apposition of photoreceptor and bipolar cell dendrites at the ribbon synapse. This work could explain some of the visual defects seen in several muscular dystrophies.

quinta-feira, julho 24, 2008


Mauro Copelli, Leonardo Lyra Gollo e eu estamos submetendo um paper sobre dendritos ativos no PlOS Computational Biology. Parece ser uma revista interessante. Alguns extratos de uma reflexão publicada em 2005.

“Antedisciplinary” Science
Sean R. Eddy
Citation: Eddy SR (2005) “Antedisciplinary” Science. PLoS Comput Biol 1(1): e6. doi:10.1371/journal.pcbi.0010006

“The scale and complexity of today's biomedical research problems demand that scientists move beyond the confines of their individual disciplines and explore new organizational models for team science. Advances in molecular imaging, for example, require collaborations among diverse groups—radiologists, cell biologists, physicists, and computer programmers.” —National Institutes of Health Roadmap Initiative [1]

Reading this made me a little depressed. For starters, the phrase “organizational models for team science” makes me imagine a factory floor of scientists toiling away on their next 100-author paper under the watchful gaze of their National Institutes of Health program officers, like some scene from Terry Gilliam's movie Brazil.
It's also depressing to read that the National Institutes of Health thinks that science has become too hard for individual humans to cope with, and that it will take the hive mind of an interdisciplinary “research team of the future” to make progress. But what's most depressing comes from purely selfish reasons: if groundbreaking science really requires assembling teams of people with proper credentials from different disciplines, then I have made some very bad career moves.

I've been a computational biologist for about 15 years now. We're still not quite sure what “computational biology” means, but we seem to agree that it's an interdisciplinary field, requiring skills in computer science, molecular biology, statistics, mathematics, and more. I'm not qualified in any of these fields. I'm certainly not a card-carrying software developer, computer scientist, or mathematician, though I spend most of my time writing software, developing algorithms, and deriving equations. I do have formal training in molecular biology, but that was 15 years ago, and I'm sure my union card has expired.


Progress is driven by new scientific questions, which demand new ways of thinking. You want to go where a question takes you, not where your training left you. We may not have a single clarion call to arms like Schrödinger's What is Life? driving physicists into biology right now, as in the beginnings of molecular biology. But we do have powerful new technologies to harness (computational biology), newly revitalized approaches to old problems (systems biology), and new areas altogether (synthetic biology).
New disciplines eventually self-organize around new problems and approaches, creating a new shared culture. This shared culture coalesces into the next essential training regimen for the next generation of scientists, and with luck, some of these people will overcome their training to open up more new fields of inquiry. Interdisciplinary science is just the embryonic stage of a new discipline. To value interdisciplinary science for its own sake is to value history over progress—that is, to value people's past training more than their current work.

I wonder if it's the success of the Human Genome Project that led us to this. The scale of the genome project required “big science” and large teams. The genome project also fueled the explosive growth of the highly successful field of computational biology. Did the ideas of interdisciplinary science and large teams become inappropriately intertwined? Certainly, achieving the goals of the Human Genome Project required engineers, physicists, and computer scientists.
It would be silly to argue against large interdisciplinary teams where a mammoth technical goal can be clearly defined. But when I think of new fields in science that have been opened, I don't think of interdisciplinary teams combining existing skills to solve a defined problem—I think of single interdisciplinary people inventing new ways to look at the world.
Focusing on interdisciplinary teams instead of interdisciplinary people reinforces standard disciplinary boundaries rather than breaking them down. An interdisciplinary team is a committee in which members identify themselves as an expert in something else besides the actual scientific problem at hand, and abdicate responsibility for the majority of the work because it's not their field. Expecting a team of disciplinary scientists to develop a new field is like sending a team of monolingual diplomats to the United Nations.


To encourage the rise of new disciplines as successful as molecular biology, we need to encourage individuals to leave old disciplines behind and forge new fields. New science needs to be judged on its merits, not by the disciplinary credentials of the people doing it—particularly in fast-moving interdisciplinary areas where any formal training may be outdated anyway.
If your grant proposal includes statistical analysis, your reviewers shouldn't be acting as enforcers requiring you to have a card-carrying statistician as a collaborator. Maybe in your narrow area, you know how to do the relevant statistics as well as any formally trained statistician.
A proposal invoking high-performance computing should not get held up until you enlist collaborating computer scientists, who may not even be interested in your problem. Maybe you know how to use a supercomputer well enough to do what you propose.


Perhaps the whole idea of interdisciplinary science is the wrong way to look at what we want to encourage. What we really mean is “antedisciplinary” science—the science that precedes the organization of new disciplines, the Wild West frontier stage that comes before the law arrives. It's apropos that antedisciplinary sounds like “anti-disciplinary.” People who gravitate to the unexplored frontiers tend to be self-selected as people who don't like disciplines—or discipline, for that matter
Computer science mythologizes the big teams and great computing engines of Bletchley Park cracking the Enigma code as much as we mythologize the Human Genome Project, but computer science rests more on the lasting visions of unique intellectual adventurers like Alan Turing and John von Neumann.
Looking around my desk at the work I'm trying to build on, I do see the human genome paper, but even more, I see the work of individual pioneers who left old disciplines and defined new ones—writing with the coherence, clarity, and glorious idiosyncrasy that can only come from a single mind.

terça-feira, julho 22, 2008

LASCON 2008 - Escola Latino Americana de Neurociência Computacional

Não pude participar na primeira semana devido a um problema de coluna, mas espero participar a partir de amanhã.

Do boletim do DFM:

De 13 de julho a 01 de agosto, acontece a "II Escola Latino-Americana de Neurociência Computacional - LASCON 2008" , sob organização do Prof. Antonio Carlos Roque da Silva , o evento tem como objetivo treinar estudantes e jovens pesquisadores latino-americanos na arte de modelar matematicamente e simular computacionalmente neurônios e circuitos neurais. A escola será possível graças ao apoio financeiro da IBRO ( International Brain Research Organization ), do CNPq e da FAPESP, além do apoio logístico do DFM e da FFCLRP. Para maiores detalhes, favor consultar a página da escola em

Ver também: Computational Neuroscience (Wikipedia)

segunda-feira, julho 21, 2008

Neuroticismo prediz probabilidade de mulher blogar

Começando uma bibliografia sobre blogs

Scientists Enter the Blogosphere (livre acesso)
Laura Bonetta
Washington DC

Cell - Volume 129, Issue 3, 4 May 2007, Pages 443-445

Blogs are one of the latest tools that scientists use to communicate their ideas to other scientists or to the general public. But who are the science bloggers and why do they blog?
Article Outline
Main Text
Meet the Bloggers
Blogging to E-ducate
What Is the Impact?
Why Aren't You Blogging?
Blogging to Talk Shop
Communities of Bloggers

The roles, reasons and restrictions of science blogs
John S. Wilkins
Department of Philosophy, The University of Queensland, Brisbane, QLD 4072, Australia

Over the past few years, blogging (‘web logging’) has become a major social movement, and as such includes blogs by scientists about science. Blogs are highly idiosyncratic, personal and ephemeral means of public expression, and yet they contribute to the current practice and reputation of science as much as, if not more than, any popular scientific work or visual presentation. It is important, therefore, to understand this phenomenon.

Who blogs? Personality predictors of blogging
Rosanna E. Guadagno, Bradley M. Okdie and Cassie A. Eno
Department of Psychology, University of Alabama, P.O. Box 870348, Tuscaloosa, AL 35487-0348, United States

Computers in Human BehaviorVolume 24, Issue 5, September 2008, Pages 1993-2004

The Big Five personality inventory measures personality based on five key traits: neuroticism, extraversion, agreeableness, openness to experience, and conscientiousness [Costa, P. T., Jr., & McCrae, R. R. (1992). Normal personality assessment in clinical practice: The NEO Personality Inventory. Psychological Assessment 4, 5–13]. There is a growing body of evidence indicating that individual differences on the Big Five factors are associated with different types of Internet usage [Amichai-Hamburger, Y., & Ben-Artzi, E. (2003). Loneliness and Internet use. Computers in Human Behavior 19, 71–80; Hamburger, Y. A., & Ben-Artzi, E. (2000). Relationship between extraversion and neuroticism and the different uses of the Internet. Computers in Human Behavior 16, 441–449]. Two studies sought to extend this research to a relatively new online format for expression: blogging. Specifically, we examined whether the different Big Five traits predicted blogging. The results of two studies indicate that people who are high in openness to new experience and high in neuroticism are likely to be bloggers. Additionally, the neuroticism relationship was moderated by gender indicating that women who are high in neuroticism are more likely to be bloggers as compared to those low in neuroticism whereas there was no difference for men. These results indicate that personality factors impact the likelihood of being a blogger and have implications for understanding who blogs.

quarta-feira, julho 09, 2008

Quebra de simetria

Localizado mais um blog de ciência: o Jornalismo Científico - Denise Alves. De novo isso foi possível porque Denise colocou o SEMCIÊNCIA no blogroll e isso apareceu no Technorati.

Uma possibilidade interessante para os blogs de divulgação científica seria que todo jornalista científico tivesse o seu, onde colocasse pelo menos seus textos produzidos profissionalmente (não sei se eles detêm o copyright, porém...).

Denise se descreve assim:

Olá meu nome é Denise Alves, moro em Aracaju - Sergipe. Sou formada em Jornalismo e dentre tantos assunto de uma área de formação tão vasta me interesso particularmente por Ciência e Tecnologia. Além disso tenho uma concepção um pouco, se não muito, utópica de um jornalismo socialmente responsável, por isso também procuro trabalhar um texto jornalístico coerente e interligado com várias outras áreas do conhecimento, o que em linguagem jornalistica chamamos de Jornalismo Interpretativo, não é muito popular, não é muito usual, mas é o que considero o cerne do jornalismo e é o único que sinto prazer de fazer, mesmo porque toda a nossa vida ultimamente anda cheia de Links.

Um post curioso de Denise, especialmente para físicos acostumados com simetria e suas quebras:


Para qual lado o ônibus abaixo está indo?
Para a esquerda ou para a direita?

Não consegue descobrir?
Olhe para a foto atentamente de novo.
Ainda não sabe?
Essa pergunta foi feita a crianças de pré-escolas dos EUA com essa mesma foto.
90% delas deram essa resposta.
“Ônibus está indo para a esquerda.”
Quando perguntadas, “Porque você acha que o ônibus está indo para a esquerda?”
Elas responderam:
“Porque você não pode ver a porta pra entrar no ônibus.”
Como você se sente agora???

Eu sei, eu também.

Pois é, Denise, eu também não atinei com a resposta...

segunda-feira, julho 07, 2008

Blogar ou não blogar, eis a questão!

Este post faz parte da Roda da Ciência.

Na Scientific American Brasil de junho foi publicada um artigo sobre Science 2.0, ou seja, sobre novas formas de se fazer ciência permitidas pelas ferramentas de publicação de conteúdo, inclusive os blogs. Nesse artigo, a questão dos blogs científicos não é encarada de forma muito otimista, mas talvez isto seja devido a uma visão restrita sobre como poderíamos usar blogs para fins científicos.

Entre os vários fins imagináveis comento alguns formatos com que tive experiência própria. Bom, o primeiro é o próprio SEMCIÊNCIA que, assim como a Maria Guimarães do Ciência e Idéias comentou, me permitiu conhecer várias pessoas interessantes, ter contato com jornalistas científicos etc.

O problema do SEMCIÊNCIA é que, como o próprio nome diz, ele não é muito sério, eu o faço por diversão e primariamente para meu uso próprio como caderno de anotações sobre links e notícias interessantes, meus papers do ArXiv nunca publicados, divulgação dos meus papers sérios e dos meus colegas, registro de idéias que serão esquecidas se não anotadas, mesmo que sejam puras especulações, links para livros e artigos interessantes etc.

Já me acusaram com razão (embora eu tenha ficado chateado com isso) de que muitas vezes eu apenas reproduzo uma notícia que saiu na Folha de São Paulo ou mesmo Yahoo Notícias, sem comentá-las como todo bom cientista deveria fazê-lo. Sim, quando não estou com tempo (o que é muito frequente) eu realmente faço isso, mas acredito que a seleção daquele notícia em particular para constar no blog é a informação nova em si.

Explico: eu chamo esse processo de "reverberação", ou seja, é uma indicação de que a notícia é interessante ou curiosa em si, que talvez no futuro valha a pena obter a fonte (paper) original, ou então a notícia faz parte de minha agenda ideológica e, ao propagá-la, estou espalhando certas idéias que acho que valem a pena serem disseminadas. Ou seja, mesmo se eu não fizer nenhum comentário, estou filtrando e divulgando preferencialmente certos temas, ênfases etc.

Também disseram que blog de ciência não deveria ter fotos de filhos, cachorro, etc. OK, eu parei de colocar fotos dos meus filhos aqui... mas queria que eles soubessem que continuam sendo a coisa mais importante da minha vida. Isso também faz parte da minha agenda ideológica bloguística: quebrar o estereótipo do cientista frio e objetivo...

Continuarei em um próximo post, falando de outros usos para blogs científicos: mesa redonda virtual, blogs educacionais, blogs para open peer review de artigos científicos etc. Mostrarei também uma curva de ranking de autoridade Technorati que coletei para 120 blogs científicos em português e onde eles se encontram na curva global para blogs em geral.

Por favor, comentários aqui.