Dia a dia do cientista

Embora a seguinte conversa não contenha nada que Bruno Latour já não tenha descrito, acho que vale a pena registrá-la. Como um dos objetivos deste blog é dar uma idéia realista e honesta da atividade científica para estudantes e futuros cientistas, pensei em publicá-la. Espero não me arrepender depois. PS: Meu co-autor me autorizou a reprodução.

09:10 eu : oi Osame!

09:11 tudo bem?

09:12 okinouchi : É uma pergunta retórica? risos

E vc, como foi a viajem?

eu : ok

09:14 okinouchi : Juliana e Julia estão com vc?

09:17 ????

09:18 eu : oi

estão sim

Júlia está adorando ter a mãe 24h por dia

e o pai umas 12h

okinouchi : é um congresso?

eu : não, vim como professor visitante

09:19 okinouchi : Ok

eu : apenas para encontrar todo mundo viajando

em féria

+s

okinouchi : Bom, eu tenho uma versao aqui do artigo, a ultima que vc me mandou. Mexeu depois disso?

eu : provavelmente não

deixa eu abrir aqui

okinouchi : Naturev03.pdf

eu : ok, diga lá

09:23 okinouchi : Comentando um dos seus e-mails, eu concordo que o tom arrogante do paper foi o problema. Ele pode ter impressionado o editor da Science (a ponto de conseguir uma rodada de referees) mas os referees quiseram dar uma lição aos fisicos arrogantes e ignorantes.

09:24 eu : Exato

Vc chegou a reler os referee reports com mais calma? Eu precisei de quase duas semanas para poder me acalmar e relê-los com mais calma...

09:26 okinouchi : Precisamos limpar isso, pois me parece que a pratica na literatura biologica é sempre ficar louvando os pioneiros, nunca fazer afirmativas peremptorias mas sempre deixar no limbo da dúvida, deixar rotas de fuga para as visoes contrarias etc. Afinal, são nossos referees que tem as visoes contrarias e os pioneiros foram seus herois...

09:27 eu : "Precisamos limpar isso". Isso o que, exatamente? Ou vc quer dizer, de maneira geral?

okinouchi : É uma besteira falar isso, mas os reports me deixaram MUITO chateado...

eu : Bem, eu fiquei maaaaaaaal por uma semana

09:28 Você está na sua sala na USP?

okinouchi : Se adequar realmente ao estilo dos biologos (se esse for realmente nosso publico). Estou meio cansado, não sei se esse é o nosso publico. Mas como é o tal PLoS Comput. Bio.?

Nao, em casa.

09:29 eu : tem telefone aí? Eu posso tentar ligar do SkypeOut, talvez renda mais. Aí amanhã a gente fala pelo Skype free mesmo

okinouchi : Precisamos pensar no que é melhor para o Leonardo. Um paper em revista de biologia ou um paper em revista de fisica? OK, talvez os dois. Acho que muitos resultados da tese dele estamos escamoteando para nos adaptar ao publico.

09:30 eu : Exato

09:31 okinouchi : Estou dando uma reolhada no paper. Vou ver se consigo instalar o fio do telefone aqui... um minuto

09:34 okinouchi : Nao tenho copia em papel do paper e o fone é em outro comodo... Talvez pudessemos continuar aqui e depois conversamos por telefone, ok?

09:36 okinouchi : Bom, primeiro: concordo com todas as mudanças propostas em negrito

09:37 eu : deixa eu ver o que eu deixei em negrito....

09:38 a maioria das coisas em negrito são perguntas!

okinouchi : Segundo, acho que uma das coisas que "pegou" e chateou os referees (ou pelo menos um deles) foi chamar backspikes de epifenomeno... E se o cara trabalha com isso?

09:39 eu : exato

nós já cometemos esse erro antes, lembra?

okinouchi : Sim, a resposta para as perguntas é SIM

eu : na Nature Physics

okinouchi : Sim, cometemos, culpa minha

Na verdade, mea culpa por todo o tom arrogante do texto...

09:40 Bom, me fale do PLoS Comput Bio

09:41 eu : desculpe, meu navegador travou de novo

sobre a PLoS Comput Biol.

Vantagens:

tem parâmetro de impacto alto

09:42 6,2 em 2007

09:43 Acho que o processo é rápido

Tem "Bio" no nome (para a gente sair do mundo exclusivamente "Phys")

Desvantagem principal: tem que pagar para publicar

09:44 okinouchi : Quanto?

eu : Uns 2500 dólares, acho

eles dizem que se os autores não tiverem como pagar, de jeito nenhum, o paper é publicado de qualquer forma

09:45 okinouchi : Eu tenho uma grana da Capes... uns R$ 2500 acho

eu : que isso não é levado em conta na hora do julgamento, bla bla bla

não sei se isso é verdade, mas poderíamos tentar

okinouchi : Bancar os brasileiros pobrinhos...

eu : EXATAMENTE!

okinouchi : Nao sei nao...

09:46 eu : Eu também estou na dúvida, para ser sincero

Mas veja, quais são nossas opções?

okinouchi : Essa revista parece ser dificil de publicar, seria bom se conseguissemos. O publico parece adequado

eu : isso

09:49 vejamos os papers em Neurociência que foram publicados ali:

http://www.ploscompbiol.org/article/browse.action?catName=Neuroscience&field=

okinouchi : Recentemente paguei para publicar, melhor, o Roque pagou. Vc viu? http://www.iop.org/EJ/abstract/1367-2630/10/7/073020

eu : Não tinha visto que tinha sido publicado, embora o Roque tivesse me contado que tinha sido aceito. Fiquei contente por vocês

09:50 Quanto vocês pagaram para publicar?

(até parece conversa gravada pela Polícia Federal, como se vcs tivessem subornado os referees.....)

09:51 okinouchi : ahahahahaha

650 libras

09:52 eu : Bom, isso dá quantos US$, mais ou menos?

09:54 okinouchi : U$ 1300, R$ 2500

eu : Bom, Osame, mas e aí? Vamos tentar terminar este paper para mandar para a Nature? Ou tentamos já readequar para outra revista? Eu tenho uma opinião, mas gostaria de ouvir a sua primeiro

okinouchi : Digo R$ 2058

Acho que deveriamos tentar a PLoS

Nao tem cara de Nature, é megalomania, estou cansado...

09:55 eu : Tem uma vantagem adicional no caso da PLoS (em relação à Nature)

okinouchi : Acesso aberto! Sim, viva o acesso aberto!

09:56 eu : Exato

Além disso, podemos (se quisermos) expandir um pouco mais o texto, eventualmente até colocando algumas daquelas contas do Leonardo.

okinouchi : Viu esse artigo no ultimo numero? A Comparative Computer Simulation of Dendritic Morphology

Duncan E. Donohue, Giorgio A. Ascoli

09:57 http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000089#abstract1

Exato, concordo

09:58 Vamos em frente. Acho que poderiamos fazer o seguinte (nosso tempo acaba daqui auma hora). 1. discutir mais algumas mudancas 2. Hoje a tarde leio as instruções para os autores, como precisamos adaptar o texto, referencias etc...

10:01 eu : Sua proposta é que nós mantenhamos a essência do texto, sem grandes mudanças?

10:04 Osame?

okinouchi : exato

10:05 Estava lendo o paper de dendritos... Tem uma tabela onde fala que em algumas celulas (Purkinje?) o numero de bifurcações chega a 40 e até a 60!

Maldito referee que falou que 15 era demais!!!!

eu : Pois é, o que nos deixa com mais folga nas nossas afirmações

Cuidado, acho que entendi o que o referee falou

okinouchi : Lerei com calma depois...

Me diz

10:06 eu : O ponto dele é outro, que eu comecei a consertar no texto

okinouchi : Acho que no texto precisamos especificar que tipo de celula estamos nos referindo...

eu : Nosso erro (acho) foi ter dito que cada sítio corresponde a uma SINAPSE

(em cujo caso não haveria problema em dizer que tem 10^4 sítios)

10:07 O problema é que é muito difícil uma única sinapse gerar um spike dendrítico, como sugerimos

No entanto

10:08 se dissermos que cada sítio nosso corresponde a um "branchlet" (isso é, várias sinapses agrupadas)

aí tudo bem.

okinouchi : Sim, o sitio representa o input total naquele branchlet

eu : O problema é que neste caso só teríamos da ordem de centenas de sítios por neurônio

e seria preciso reinterpretar o que significa a taxa h

coisa que eu tentei fazer (não lembro mais se consegui) na nova versão do texto

10:09 okinouchi : Porque centenas de sitios???

eu : Talvez esses números (100 branchlets) digam respeito a células piramidais (eg. do hipocampo), que é onde estes caras focalizam a pesquisa deles

10:10 okinouchi : Mas nossas arvores tem milhares de branchlets!

eu : como assim, "nossas"?

okinouchi : As simulações

eu : as do nosso modelo, ou as do nosso cérebro?

Pois é....

10:11 okinouchi : Veja por exemplo esta purkinje (simulação computacional): http://comciencias.blogspot.com/2008/07/lascon-2008-escola-latino-americana-de.html

eu : Bem, quantos branchlets teria uma célula de Purkinje?

10:12 okinouchi : Contei ai no minimo G = 20

POdemos pegar esse artigo da figura, ele deve falar quantos compartimentos usou. Precisamos justificar que um compartimento = um branchlet?

10:13 eu : eu não consegui abrir o link que vc mandou, mas também já contei muitas gerações em figuras de células de Purkinje

okinouchi : clique em cima da figura!

eu : tá carregando, espera

tá muito lento....

okinouchi : tente http://comciencias.blogspot.com/

10:15 eu : Bem, o ponto é que precisamos tomar cuidado na hora de falar sobre o tamanho da rede e da descrição do modelo.

okinouchi : Eles usam dois ou tres compartimento para cada regiao entre bifurcações... Nao esta longe de nossa assunção

OK, melhorar essa parte entao

10:16 eu : e cada um deles tem dendritos ativos?

okinouchi : Acho que sim

Vou ler o paper

10:17 Duvida: branchlet = regiao entre duas bifurcações? Esse é o significado de branchlet na literatura???

10:18 eu : Acho que não

Branchlet acho que é uma unidade funcional

tal que, quando suficientemente estimulada, gera uma excitação não-linear

10:19 Por isso,

se chamarmos de s a taxa com que a "s"inapse é estimulada

okinouchi : Vai fazendo uma lista ai: adiciona verificar significado de branchlet

eu : a nossa taxa h (com que um branchlet é estimulado) seria proporcional a s^m

10:21 okinouchi : Na verdade, tudo isso é uma loucura...

eu : onde m é o número médio de sinapses próximas necessárias para gerar uma excitação no branchlet

o que é uma loucura?

10:23 Digite um "enter" de vez em quando para eu ir lendo o que vc está escrevendo :-)

okinouchi : Sinapses diferem de tamanho e eficacia... quem disse que refletem h? Na verdade, sinapses sao dominios de tamanhos variados. E tem a questao das spines... Bom, em vez de sinapses, talvez fosse melhor contar spines por branchlet.

10:24 eu : Pois é: e os inputs não são descorrelacionados, nem são Poissonianos, etc etc etc...

10:26 DIGITE ENTER AÍ, PLEASE

okinouchi : O que estou dizendo é que se h = s^M, e se M varia de branchlet para branchlet (supondo que s é o mesmo para cada sinapse, o que tambem nao é verdade), entao é absurdo pensar que h é o mesmo para cada branchlet...

10:27 Mas se h nao é o mesmo, entao ferrou-se tudo!

eu : Você quer dizer que nosso modelo não tem desordem, nem variação espaço-temporal do estímulo? Concordo.

10:28 okinouchi : Hummmm... deixa eu tentar uma reinterpretação...

eu : Mas tem mais do que outros modelos, pelo menos no que diz respeito à pergunta que ele tenta responder

10:29 okinouchi : Vejamos

eu : diga

10:30 okinouchi : Que tal se falarmos que h representa uma "taxa media" de estimulo? Nao, nao da certo, esquece

OK, voltemos

10:31 Entao estamos assumindo que um pequeno branchlet no extremo da arvore recebe o mesmo input que um tronco grosso na base da arvore...

10:32 eu : Sim. Mas nada proíbe que o modelo seja estendido, digamos, para ter h_i (onde i é o índice da geração) ao invés de h constante

10:33 Tem um paper do Kosaka em que ele menciona que a distribuição de sinapses na árvore dendrítica da célula mitral olfatória é praticamente uniforme

10:34 Absurdamente, este paper foi tirado da lista de referências do nosso paper pouco antes da sua submissão...

okinouchi : O que eu acho loucura é que parece que estamos tentando (ou os biologos gostariam que fizessemos) modelar a fotossintese de uma arvore mapeando detalhandamente seus ramos (branchlets) e sinapses ou spines (folhas), que diferem de arvore para arvore, idade da arvore, numero de folhas etc. Loucura: Nao vemos a arvore porque ficamos preocupados com os ramos

10:35 Volta entao o paper do Kosaka. Precisamos ver tambem se tem limite de citações na revista. Vou gravar nossa conversa, depois faço uma lista de coisas a fazer...

10:36 Outra coisa para mudar:

10:37 eu : diga

okinouchi : Tirar, mudar ou enfraquecer: This makes problematic the use of backspikes as a backpropagating
signal under massive synaptic input. Backpropagating spikes show up naturally in excitable
trees but plays no functional role here. We indeed conjecture that such somatic backspikes
could be epiphenomena or at least biological exaptations. We must resist the temptation of
trying to provide a functional role for each observable property of biological excitable tissues.
Most of these properties, if not robust, probably are simple accidents.

Um momento

10:38 eu: Já botei em negrito aqui

okinouchi: Esse "We must resist the temptation...." foi muito condescendente, na verdade insultuoso...

Tudo culpa minha, claro!

10:39 eu: Não foi só culpa sua, nós também nos empolgamos :-)

okinouchi: É verdade...

O que o Leonardo achou de publicar no PLoS?

10:40 eu: Ele quer tentar a Nature. Mas foi viajar sem ter me mandado as referências do Rall que o referee tinha pedido.

10:41 Não sei, acho que ele está meio sem noção do que significa publicar na Nature

okinouchi: Bom, acho que tem varias coisas para fazermos hoje. Vc poderia fazer uma nova versao já com as coisas em negrito em ordem? Vou ler os regulamentos da revista, reler o paper para novas sugestoes etc

eu: Em particular, eu concordo com você que não parece um paper da Nature

10:42 Já que estamos em fusos horários diferentes, podemos otimizar o processo

10:44 okinouchi: Ah, sim, deixa eu marcar aqui: acho que na hora de falar da dupla sigmoide, deveriamos dizer que a celular ganglionar "mais" as celulas conectadas a ela eletricamente é que possivelmente seriam equivalentes a uma grande arvore dendritica (citando aquele esquema onde se faz o paralelo entre retina e bulbo olfatorio). Como se chama o autor mesmo?

ok

O que temos que enfatizar é que nosso paper nao se aplica a celulas em geral, em especial celulas do hipocampo...

10:46 okinouchi: Como sempre dizem os biologos: "Mas e o cavalo marinho? Sua teoria nao se aplica ao cavalo marinho!" Da wikipédia: O Cavalo Marinho (Hippocampus) é um género de peixe pertencente à família Syngnathidae, que vive em águas temperadas e tropicais.

10:48 okinouchi: como eu gravo esse bate papo?

10:49 eu: Como eu fui desconectado várias vezes pelo meu navegador, descobri que neste caso as conversas ficaram gravadas como emails no gmail.

Se vc quiser eu te mando tudo

okinouchi: Vou fazer cut and paste

eu: Na verdade tem um link para "bate-papos" logo abaixo de

"Caixa de Entrada"

10:50 "Com estrela"

"Bate-papos"

okinouchi: no gmail?

eu: Isso

okinouchi: nao consigo fazer cut and paste aqui

eu: Eu estou falando de dentro do meu gmail, e você?

okinouchi: Usanbdo google talk

10:51 eu: Bem, eu tento te mandar uma cópia do nosso bate papo, ok?

okinouchi: ok

eu: Por email

okinouchi: ok

eu: Se você conseguir fazer algo mais, me mande por email

okinouchi: Vc quer ligar ou nao precisa?

ok, farei novas sugestoes de mudança no texto por e-mail...

eu: Como eu chego cedo aqui amanhã, tenho tempo para trabalhar antes de te mandar os arquivos às 9h aí

10:52 Se trabalharmos em quase anti-fase, acho que andamos mais rápido

okinouchi: O problema é que gostaria de assistir umas palestra da LASCON que ocorrem justo das 9 às 12 aqui...

10:53 Mas acho que vou conseguir trabalhar bem off-line

eu: Bem, se você conseguir chegar mais cedo, por mim tudo bem :-)

okinouchi: x-(

10:54 eu: Bem, amanhã estarei aqui. Me mande algo com que eu possa trabalhar....

okinouchi: Fique no ar amanha, tentarei chegar às 8, na USP.

eu: Beleza

okinouchi: ok

Tchau entao!

eu: até amanhã

tchau!

okinouchi: Abraços à Juliana!

eu: Obg!