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quinta-feira, abril 30, 2009

A última civilização global de alta tecnologia...



Nossa civilização tecnológica global não é a apenas a primeira, mas também a última. Se um dia ela desmoronar como o Império Romano, nenhuma outra comparável surgirá, pois consumimos todos os recursos naturais facilmente acessíveis. Ou você acha que uma civilização no nível da Europa do século XIX poderia vir a perfurar o pré-sal para obter petróleo?

Dois tipos de utopia restaram em nossa civilização. A primeira é a utopia de um retorno à uma civilização pré-industrial característica do Romantismo e da Ecologia Profunda.  Mas compete com o cenário distópico de uma regressão à barbárie: teocracias, pequenas ditaduras, estados feudais com distribuição de renda e poder muito pior do que temos atualmente. É um cenário provável para o futuro, pois todas as civilizações históricas mais cedo ou mais tarde decairam, e a nossa civilização tecnológica tem apenas 300 anos. 

A segunda utopia pode ser sintetizada pelo universo de Star Trek.  Uma democracia universal, secular, tecnológica, onde a primeira diretriz (não interferência) reina e onde abater animais para consumo é um ato de barbárie (sim, eu tinha que falar dos porquinhos!). Não está nada claro que é uma utopia viável, mas as utopias são assim mesmo: horizontes para se caminhar na direção, não pontos de chegada. É interessante, porém, que nas duas utopias as pessoas respeitam os animais, uma convergência inesperada que pode unir politicamente as duas correntes utópicas.

Uma hipótese interessante é que muitas civilizações se extinguiram devido a pandemias, pois mesmo que elas não matem, podem abalar profundamente o sistema econômico. 

É claro que o universo de Battlestar Galactica é muito mais provável: nele os seres humanos são os mesmo, a política e os problemas também. Bom, pelo menos temos o consolo de que os inimigos da humanidade  como a andróide no. 6 não são de se jogar fora. 

Em tempo: Maria Guimarães do Ciêncie e Idéias chama atenção para o site Gripe Suína: prevenção, tratamento e contenção, dos biólogos Wladimir Alonso (epidemiologista) e Cynthia Schuck-Paim.

Deu no New York Times


Acredito que o NYT seja um jornal (mais) confiável para informações sobre a gripe suína. Você pode acompanhar os últimos dados aqui:


Vários artigos de especialistas publicados no NYT poderiam ser comentados com proveito pela blogosfera científica brasileira. Mas parece que ainda não temos, como um todo,  a maturidade suficiente para isso.

Os dados estão sendo também rapidamente colocados e checados na Wikipedia:


Blogs científicos de médicos também tem fornecido muita informação. Veja o "Vôo de Galinha", do médico Itajaí de Albuquerque:

http://voodegal.blogspot.com/


Itajaí de Albuquerque


Médico especialista em Clínica Médica (UFPA-CAPES/MEC) e Mestre em Ciências da Saúde (UNB - CAPES/MEC). Associado a Health Technology Assessment International.édico especialista em Clínica Médica (UFPA-CAPES/MEC) e Mestre em Ciências da Saúde (UNB - CAPES/MEC). Associado a Health Technology Assessment International.e
Médico especialista em Clínica Médica (UFPA-CAPES/MECItajaí de Albuquerque
Médico especialista em Clínica Médica (UFPA-CAPES/MEC) e Mestre em Ciências da Saúde (UNB - CAPES/MEC). Associado a Health Technology Assessment International.) e Mestre em Ciências da Saúde (UNB - CAPES/MEC). Associado a Health Technology Assessment International.

Meios excitáveis e gripe suína


Mauro, você notou que a largura do pulso é basicamente a mesma?

E se no nosso modelo fizessemos com que p_lambda dos links de um dado site mudasse aleatoriamente por uma fração epsilon toda vez que o site ficasse excitado? E que os novos sítios contaminados herdassem esse valor, de modo que seus links também sofressem mutação. Isso modelaria um drift genético do vírus da gripe durante a própria epidemia e imagino que as variantes com maior p_lambda iriam se espalhar mais. Ou seja, a atividade se tornaria supercrítica antes de ser suprimida pela imunização.

Ou seja, uma pandemia, ao contrário do que eu disse antes, não seria uma avalanche grande de um sistema crítico, mas uma avalanche em um sistema supercrítico. Muito possivelmente veríamos a dinâmica da gripe de 1918, que após ser uma pandemia fraca em um ano, voltou muito mais forte no ano seguinte.

Acho que este modelo seria novo na literatura... Todo esse tempo que eu gastei lendo e postando sobre a gripe suína poderia gerar um novo modelo epidemiológico. Mãos à massa?

Para quebrar o clima suíno

quarta-feira, abril 29, 2009

Serra fala sobre o gripe suína


"Ela é transmitida dos porquinhos para as pessoas só quando eles espirram. Portanto, a providência elementar é não ficar perto de porquinho nenhum" (José Serra, sobre a gripe suína). 
Este post pertence à Roda de Ciência. Por favor, deixe seus comentários lá.
Eu estou tentando entender a atitude de meus colegas blogueiros científicos sobre a questão da gripe suína e estou meio atônito. Afora alguns poucos posts informativos (ver aqui , aqui e aqui), boa parte da reação da blogosfera científica é uma mistura de ceticismo que apela para teorias conspiratórias e ridicularização do hype da mídia. Em contraste, vários blogueiros sérios do ScienceBlogs americano (aqui ,  aqui aqui) estão fazendo discussões aprofundadas e o próprio site do SB dá destaque ao assunto.

Acho que poderiamos e deveríamos fazer mais do que isso. Ando desconfiado que o namoro que muitos blogueiros científicos possuem com o movimento cético acabou por afetar suas capacidades críticas. Lembram o comportamento dos "céticos do clima" em relação às mudanças climáticas etc. Acho que vou escrever um post sobre isso, para lembrar que ceticismo não é sinônimo de ciência, mas talvez da pseudociência.

Sim, o grande problema da pseudociência não é que ela acredita em bobagens, mas sim que ela não acredita em coisas sérias: os criacionistas são "céticos" em relação à teoria da evolução, o pessoal da Terra Oca é "cético" em relação à geofísica, os espiritualistas são "céticos" em relação às descobertas das neurociências, os ufólogos são "céticos" em relação à comunidade científica, acreditando que Nature e Science estão mancomunadas com o governo americano para esconder da população a realidade dos UFOs...

Em vez de posts "céticos" em relação à gripe suína, eu gostaria de ver:

1. Entrevistas via-email com especialistas da área;
2. Análise das medidas preventivas do governo brasileiro;
3. Traduções ou comentários sobre os bons posts colocados no ScienceBlogs americano;
4. Popularização de conceitos de epidemiologia;
5. Artigos sobre a gripe comum, causada por um vírus mutável interessantíssimo;
6. Artigos sobre a história das pandemias;

É engraçado que quando o assunto é, por exemplo, a possibilidade de um meteoro se chocar com a Terra e afetar a biosfera, temos um sem número de posts chamando a atenção sobre essa possibilidade e usando esse gancho para divulgar a astronomia etc. Ninguém acha que tais artigos sejam alarmistas. Mas se pensarmos bem, ao longo da história da humanidade, muito mais gente morreu de pandemias do que de queda de meteoros... 

Em relação à pandemias, a probabilidade de surgimento das mesmas é cada vez maior, não menor. Vejamos alguns fatores:
1. Aumento da concentração populacional;
2. Aumento da movimentação de pessoas através do globo (viagens aéreas, turismo, migração etc.);
3. Maior contato com animais silvestres (culpa dos esportistas radicais, turistas ecológicos etc.);
4. Aumento da população de suínos e aves em contato com seres humanos;
5. Aumento do transporte coletivo (que imagino deve facilitar o contágio);
6. Resistência progressiva de novas cepas frente a antibióticos e anti-virais;
7. Aumento da população de animais domésticos (já imaginou se houvesse uma gripe canina ou felina transmissível para os humanos?)
8. E outras coisinhas mais...

Sendo assim, imagino que epidemias são como terremotos, acontecem em todas as escalas, com uma probabilidade tipo lei de potência P(x) = C/ x^a para a probabilidade de uma epidemia matar x pessoas. Numa situação dessas, que as últimas pandemias tenham sido fracas é irrelevante. Assim como no caso dos terremotos, a questão sobre uma pandemia forte não é "se", mas "quando". A atitude de governos responsáveis deveria ser se preparar para o pior e torcer pelo melhor... 


A verdade está lá fora...


Do ArXiv, a ser lido em tempos de pandemia:

Probing the Improbable: Methodological Challenges for Risks with Low Probabilities and High Stakes

Toby Ord, Rafaela Hillerbrand, Anders Sandberg
(Submitted on 30 Oct 2008)
Some risks have extremely high stakes. For example, a worldwide pandemic or asteroid impact could potentially kill more than a billion people. Comfortingly, scientific calculations often put very low probabilities on the occurrence of such catastrophes. In this paper, we argue that there are important new methodological problems which arise when assessing global catastrophic risks and we focus on a problem regarding probability estimation. When an expert provides a calculation of the probability of an outcome, they are really providing the probability of the outcome occurring, given that their argument is watertight. However, their argument may fail for a number of reasons such as a flaw in the underlying theory, a flaw in the modeling of the problem, or a mistake in the calculations. If the probability estimate given by an argument is dwarfed by the chance that the argument itself is flawed, then the estimate is suspect. We develop this idea formally, explaining how it differs from the related distinctions of model and parameter uncertainty. Using the risk estimates from the Large Hadron Collider as a test case, we show how serious the problem can be when it comes to catastrophic risks and how best to address it.

Quantifying the transmission potential of pandemic influenza

This article reviews quantitative methods to estimate the basic reproduction number of pandemic influenza, a key threshold quantity to help determine the intensity of interventions required to control the disease. Although it is difficult to assess the transmission potential of a probable future pandemic, historical epidemiologic data is readily available from previous pandemics, and as a reference quantity for future pandemic planning, mathematical and statistical analyses of historical data are crucial. In particular, because many historical records tend to document only the temporal distribution of cases or deaths (i.e. epidemic curve), our review focuses on methods to maximize the utility of time-evolution data and to clarify the detailed mechanisms of the spread of influenza. First, we highlight structured epidemic models and their parameter estimation method which can quantify the detailed disease dynamics including those we cannot observe directly. Duration-structured epidemic systems are subsequently presented, offering firm understanding of the definition of the basic and effective reproduction numbers. When the initial growth phase of an epidemic is investigated, the distribution of the generation time is key statistical information to appropriately estimate the transmission potential using the intrinsic growth rate. Applications of stochastic processes are also highlighted to estimate the transmission potential using the similar data. Critically important characteristics of influenza data are subsequently summarized, followed by our conclusions to suggest potential future methodological improvements.
Comments:79 pages (revised version), 3 figures; added 1 table and minor revisions were made in the main text; to appear in Physics of Life Reviews; Gerardo's website (this http URL), Hiroshi's website (this http URL)
Subjects:Populations and Evolution (q-bio.PE)
Cite as:arXiv:0711.3088v2 [q-bio.PE]


Modeling the Worldwide Spread of Pandemic Influenza: Baseline Case and Containment Interventions

We present a study of the worldwide spread of a pandemic influenza and its possible containment at a global level taking into account all available information on air travel. We studied a metapopulation stochastic epidemic model on a global scale that considers airline travel flow data among urban areas. We provided a temporal and spatial evolution of the pandemic with a sensitivity analysis of different levels of infectiousness of the virus and initial outbreak conditions (both geographical and seasonal). For each spreading scenario we provided the timeline and the geographical impact of the pandemic in 3,100 urban areas, located in 220 different countries. We compared the baseline cases with different containment strategies, including travel restrictions and the therapeutic use of antiviral (AV) drugs. We show that the inclusion of air transportation is crucial in the assessment of the occurrence probability of global outbreaks. The large-scale therapeutic usage of AV drugs in all hit countries would be able to mitigate a pandemic effect with a reproductive rate as high as 1.9 during the first year; with AV supply use sufficient to treat approximately 2% to 6% of the population, in conjunction with efficient case detection and timely drug distribution. For highly contagious viruses (i.e., a reproductive rate as high as 2.3), even the unrealistic use of supplies corresponding to the treatment of approximately 20% of the population leaves 30%-50% of the population infected. In the case of limited AV supplies and pandemics with a reproductive rate as high as 1.9, we demonstrate that the more cooperative the strategy, the more effective are the containment results in all regions of the world, including those countries that made part of their resources available for global use.
Comments:16 pages
Subjects:Other (q-bio.OT); Statistical Mechanics (cond-mat.stat-mech); Physics and Society (physics.soc-ph)
Journal reference:PLoS Med 4(1): e13. (2007)
DOI:10.1371/journal.pmed.0040013
Cite as:arXiv:q-bio/0701038v1 [q-bio.OT]


A Simple Cellular Automaton Model for Influenza A Viral Infections

Viral kinetics have been extensively studied in the past through the use of spatially homogeneous ordinary differential equations describing the time evolution of the diseased state. However, spatial characteristics such as localized populations of dead cells might adversely affect the spread of infection, similar to the manner in which a counter-fire can stop a forest fire from spreading. In order to investigate the influence of spatial heterogeneities on viral spread, a simple 2-D cellular automaton (CA) model of a viral infection has been developed. In this initial phase of the investigation, the CA model is validated against clinical immunological data for uncomplicated influenza A infections. Our results will be shown and discussed.
Comments:LaTeX, 12 pages, 18 EPS figures, uses document class ReTeX4, and packages amsmath and SIunits
Subjects:Cell Behavior (q-bio.CB); Quantitative Methods (q-bio.QM)
Journal reference:Journal of Theoretical Biology, 232(2), 21 January 2005, pp. 223-234
DOI:10.1016/j.jtbi.2004.08.001
Cite as:arXiv:q-bio/0402012v1 [q-bio.CB]

terça-feira, abril 28, 2009

Poemas iterados e avalanches coevolucionárias


Criei meu próprio poema e o submeti ao processo iterativo de tradução ida e volta. No inglês não foi promissor, mas no francês ficou interessante. Talvez o processo fique interessante em linguas afins (latinas, por exemplo) de modo que o tradutor acabe usando sinônimos de significado ambíguo e metáforas, "criando" assim novos significados. Veja o que você acha.

Versão original (chamei o poema de "Cinco Sentidos"):

Quando eu penso em você
Lembro do seu perfume
Seu perfume me traz lembranças
Quando eu penso em você

Quando eu penso em você
Sinto a sua pele
A sua pele me faz sentir
Quando eu penso em você

Quando eu penso em você
Escuto o seu riso
Seu riso me faz sorrir
Quando eu penso em você

Quando eu penso em você
Gosto do seu sabor
O seu sabor me faz gostar
Quando eu penso em você

Quando eu penso em você
Vejo os seus olhos
Os seus olhos me fazem ver
Quando eu penso em você



Agora a versão depois de quatro iterações português-francês-português (em vermelho as mudanças produzidas):

Quando penso em você
Lembre-se, o seu perfume
O perfume dela se lembra
Quando penso em você

Quando penso em você
Penso que a sua pele
Sua pele me faz sentir     (
foi deletado A...)
Quando penso em você

Quando penso em você
Eu ouço o seu riso
Seu sorriso me faz rir
Quando penso em você

Quando penso em você
Gosto do seu gosto
Ela gosta de mim
Quando penso em você

Quando penso em você
Eu vejo os teus olhos
Seus olhos me fazem ver    (
foi deletado Os... )
Quando penso em você


Me parece que o processo de tradução melhorou o poema em algum sentido (deixou-o mais enxuto, mais econômico, e com sentidos mais metafóricos), em especial na terceira estrofe onde no poema original duas palavras "riso" ficam muito próximas, e no segundo verso da quarta, onde "gosto do seu gosto" parece ser mais interessante do que "gosto do seu sabor". E nos versos "Penso que a sua pele"  e "Ela gosta de mim" aparecem novos significados que não constavam do poema original...

O que acham? Dado que o Google translator parece ter essa dinâmica de compatibilização de palavras (rumo a uma construção linguística correta), ele não parece ser apenas um introdutor de desordem, como eu havia dito antes. 

E acho que só agora entendi o que o Nestor queria dizer em seu comentário: introduzindo um ruído (uma palavra deslocada do contexto), isso poderia induzir uma deriva dinâmica até uma nova configuração estável e significativa, ou seja, rumaria para um novo equilíbrio. 

Engraçado que talvez exista na biologia um processo similar de tradução genoma -> expressão -> mecanismos de seleção -> genoma da próxima geração, de modo que as espécies representem pontos fixos dessa dinâmica. Assim, uma mutação em um gene poderia desencadear todo um processo de desestabilização do genoma (ele não seria mais um ponto de equilibrio no processo genoma -> tradução -> população - > genoma), convergindo após várias gerações em um novo ponto de equilíbrio bastante afastado. Ou seja, ilustrei com meu poema a idéia da evolução por equilíbrio puntuado... 

Em vez de interpretar o modelo Bak-Sneppen como descrevendo a co-evolução de espécies num ecossistema, acho que também se poderia interpretá-lo como descrevendo a co-evolução de genes dentro do genoma. As reconfigurações do genoma de uma espécie seria feita na forma de avalanches em todas as escalas. 

Após uma grande avalanche, rápida em tempos geológicos, teriamos uma espécie bastante mudada, bem distante da original (como meu poema mudou bastante depois de quatro iterações).  As espécies intermediárias, assim como os poemas intermediários, são estados instáveis e eu só posso ver as espécies (os poemas) que já se estabilizaram. Os "elos perdidos" seriam os passos intermediários invisíveis de uma avalanche evolucionária e nós nunca iremos observá-los...

Porcos e antropofagia


Enviado por João Carlos, do Chi Vó Non Pó.


Uma coisa curiosa: de todos os animais comestíveis, parece que apenas o porco tem um sabor similar ao dos seres humanos. Seria isso a origem dos tabus alimentares sobre o porco? Evitar a antropofagia?


E o genoma do porco? Já sequenciaram? Qual a porcentagem de superposição com o genoma humano?


E que tal a seguinte idéia para uma ética da culinária: os seres humanos deveriam progressivamente ir abandonando o consumo de animais ranqueados segundo uma lista de overlap genômico, ou seja, quem é mais parecido conosco geneticamente nós deixamos para comer por último... uma espécie de tabu do incesto culinário.


A vantagem óbvia desse critério é que ele é objetivo e traz um benefício genérico para a humanidade: quanto mais afastado geneticamente um animal, mais dificil ele nos transmitir ou servir de reservatório para mixing viral de alguma doença pandêmica.


Investigator Sally Shelton sends this observation that appeared on a paleontologists discussion listserv:

I’m often amazed that people on this list seem unaware of some of the classic literature…  Culinary phylogenetics was addressed in an issue of AIR way back in 1998.  You can find a pdf here.

The discussant refers to Joe Staton’s study “Tastes Like Chicken,” published in volume 4, number 4 of the Annals of Improbable Research, and which begins with the statement

The field of culinary evolution faces one great dilemma: why do most cooked, exotic meats taste like cooked Gallus gallus, the domestic chicken?

A chart from the study is reproduced below.

1000 a 200.000 leitos para a gripe suína no Brasil?


OK, OK, um post mais científico sobre a gripe suína. Existe um plano de contingência do governo para uma pandemia no Brasil, datado de 2005 e que usa um modelo epidemiológico meio superado, ver aqui. Em todo caso, vamos lá:

PLANO DE PREPARAÇÃO BRASILEIRO PARA O
ENFRENTAMENTO DE UMA PANDEMIA DE INFLUENZA

1.2.
Estimativa do Impacto de uma Pandemia de Influenza no Brasil

Os resultados preliminares do estudo de cenários pandêmicos de Influenza no Brasil que está em andamento, utilizando-se um modelo estático, indicam um impacto negativo importante na demanda aos serviços de saúde. Usando-se como modelo taxas de ataque entre 20 e 33% num período de 5 a 8 semanas, significaria a ocorrência de 37 milhões a 61 milhões de casos. Estimando-se 13% da população como pertencente ao grupo de maior risco para as complicações da doença e que, destes, 30% venham a requerer alguma intervenção médica, teríamos 5 milhões de casos complicados apenas entre indivíduos de alto risco. Dentre os doentes que não pertencem a nenhum grupo de risco, esperam-se 13 milhões de casos complicados, o que totaliza 18 milhões de pessoas requerendo atendimento para complicações em todo o Brasil (assumindo-se um cenário intermediário, com taxa de ataque de 25%).

Considerando-se somente o conjunto das capitais brasileiras, o número de casos esperados na faixa etária mais afetada (15 a 59 anos) varia de 4,5 milhões a 10 milhões de doentes, sendo que, destes, espera-se de 500 mil a 2,5 milhões com algum tipo de complicação.
Ainda de acordo com este modelo, o número total de leitos requeridos no pico da epidemia para esta faixa etária, para as 27 capitais, seria de 1.000 a 200 mil.

Esta análise preliminar indica ainda que, se houvesse indicação e disponibilidade de antivirais para o tratamento de todos os doentes, a taxa de hospitalização seria reduzida em 40%.

Os modelos estáticos têm a vantagem de serem de fácil compreensão e rápida execução, mas sofrem de diversas restrições:

– não são capazes de descrever a dinâmica da doença no tempo, e conseqüentemente predizer taxas de infecção. Na verdade, a taxa de infecção é definida a priori;
– não há representação dos processos no tempo. Conseqüentemente, esses modelos não podem ser utilizados para comparar estratégias que tenham um componente temporal explícito;
– não incorporam as não linearidades inerentes do processo e do efeito das estratégias de controle. Por exemplo, estratégias terapêuticas e profiláticas causam um efeito de imunidade de rebanho que não é captado pelo modelo estático, que apenas considera os efeitos diretos;
- não incorporam características epidemiológicas e biológicas da doença e, conseqüentemente, não permitem a atualização frente ao avanço do conhecimentos. Isto é, a adequação do modelo só poderá ser verificada a posteriori, quando a pandemia já tiver passado e a taxa de ataque tiver sido calculada.

Em resumo, dadas as várias incertezas que permeiam uma pandemia de influenza, nenhum modelo pode ser considerado completamente preditivo e nenhum método de controle pode ser identificado como ótimo a priori (Ferguson, 2003). O que se pode obter, a partir de modelos matemáticos, é identificar um pequeno conjunto de estratégias eficazes que cubram diversos cenários possíveis, junto com alguns indicadores que ajudem na identificação de qual cenário está sendo considerado.

*********

É interessante que segundo este documento, estamos no Brasil na fase 5 e não na fase 4 de uma pandemia:

Fase 5:
Detecta-se conglomerados de transmissão interhumana com maior número de casos em algum país de outro Continente e/ou detecção da cepapandêmica em algum país das Américas (exceto Brasil).

Atuação: Disparar nível de alerta no país: detecção, notificação e investigação oportunas de formas graves de doença respiratória em pessoas procedentes da região afetada em áreas estratégicas (grandes centros urbanos, portos e aeroportos internacionais e em outros pontos de ingressos de estrangeiros no país).



Lower bound e upper bound na gripe suína



O site do Ministério da Saúde sobre a gripe suína:


Imagino que as informações sejam confiáveis e conservadoras (pois deve haver muita gente aconselhando evitar o pânico). É um lower bound, digamos assim.

Deixa eu explicar porque ando meio alarmista. As razões são:

1. Eu sei o que significa "crescimento exponencial" antes da saturação, em uma epidemia.
2. Eu conheço os modelos tipo SIR (Susceptible-Infected-Recovered) e suas previsões.
3. Eu trabalho na área de meios excitáveis (a população humana suscetível ao vírus) e redes complexas (que descreve as redes de aeroportos e de contatos sociais).
4. Eu sei o que são avalanches e leis de potência em eventos extremais: dizer que os alarmes anteriores sobre pandemias foram falsos ou que os eventos foram insignificantes nada diz sobre o futuro - isso é uma falácia causal muito conhecida. Seria como dizer que o terremoto Big One nunca vai acontecer na Califórnia simplesmente porque não ocorreu no século XX...
5. Eu sei que o mercado financeiro precifica os riscos, e muitas vezes é um sistema preditor muito mais confiável que estatísticas convencionais. E o mercado tá gripado...

O upper bound fica por conta da Folha, que faz o pré-lançamento (por R$ 43,00!) do livro:

Gripe: A História da Pandemia de 1918

Gina Bari Kolata

"Gripe: A História da Pandemia de 1918" (Record) narra a verdadeira história de morte, erros e acertos de uma das mais impressionantes epidemias já enfrentadas pela humanidade. A influenza de 1918 vitimou 100 milhões de pessoas em todo o mundo. Num envolvente trabalho de reportagem científica, a repórter do New York Times Gina Kolata investiga a história por trás desta doença mortal desde sua origem. Analisando relatórios científicos, arquivos médicos de hospitais e pesquisadores, a autora explica porque a gripe de 1918 era tão contagiosa, revela as histórias dos médicos que tentaram combatê-la e mostra como as desastrosas tentativas de "acobertar" a epidemia acabaram por torná-la ainda mais mortífera. Paralelamente, a autora esmiúça a história de grandes epidemias e pragas que assolaram a humanidade, como a Peste Negra da Idade Média e a varíola. De olho no futuro, Kolata detalha os últimos avanços na pesquisa do vírus da gripe, identifica as possibilidades de uma nova epidemia em escala global, aponta medidas de prevenção e mostra como é fundamental uma postura transparente no caso de uma nova ameaça.

A gripe suína e o porco do mar



Para quem não sabe, o porco do mar é o camarão (por analogias óbvias). Mas talvez os camarões sejam mais limpinhos, dado que o porco costuma comer as fezes das galinhas, que foram infectadas pelos patos transmissores dos vírus de gripe. Daí para o crossover genético dos vírus de gripe é um passo (ver este interessante post do Áquila do Rainha Vermelha).

Como eu propus em um post anterior que as pessoas considerassem seriamente, em uma análise custo-benefício, se vale a pena continuar com a suinocultura, é claro que eu deveria oferecer uma alternativa. Pois bem, que tal se os suinocultores se tornassem criadores de camarão? Em ambos os casos a área necessária é pequena.

Eu adoro camarão, mas é muito caro aqui na minha região. Eu tenho certeza que se a produção e o consumo fossem maiores, o preço iria cair. Afinal, você não precisa vacinar camarão, precisa?

E meus amigos vegetarianos como a Mônica Campiteli e a Luciana do blog SerPsico talvez ficassem mais felizes. Luciana, não adianta dizer que um camarão vale tanto quanto um porco, não é verdade! Assista o filme documentário "Earth" que está nos cinemas, em comemoração ao dia da Terra: as baleias adoram camarão, e você não vai querer matar as baleias apenas para salvar uns camarõezinhos, vai?

Abaixo a suinocultura! Viva o cultivo dos camarões, o espetinho de camarão aqui de Ribeirão, os pratos nordestinos com camarão que eu como em Recife quando vou trabalhar com o Mauro e todas as receitas com camarão da internet

Gripe Suína no BlogPulse

Evitando pandemias no futuro



Parece que o porco, além de ser um animal muito inteligente (mais inteligente que o cachorro!) e parecido com o ser humano (lembremos que são usados nas faculdades de Medicina para treinar cirugiões e nos experimentos do CSI), é também um incubador de vírus de gripe, interagindo com a gripe aviária.

Eu tenho uma proposta: que os vegetarianos de todo mundo centrassem seus esforços em uma lista de prioridades de eliminação mundial de consumo de carne começando pelo porco. Afinal, no mundo de Star Trek, não existe consumo de carne...

Vejam as vantagens:

1. Vegetarianismo ético: evitamos fazer sofrer os seres mais autoconscientes e parecidos com os seres humanos. Já conseguimos eliminar, em nível mundial, praticamente o consumo de chimpanzés, baleias e golfinhos. Os próximos alvos deveriam ser o porco e o polvo. E afinal, fora os franceses, alguém pode me explicar porque não consumimos cavalos?
2. Evitando pandemias: Interrompemos um elo essencial nas pandemias de gripe, as fazendas de porcos.
3. Gás metano: Eu tenho quase certeza que porcos produzem gases de efeito estufa.
4. Saúde: Eliminando-se a linguiça e o bacon da alimentação, acho que isso contribuiria para a questão da obesidade.
5. Poluição: Se evitariauma quantidade absurda de dejetos nos sistemas fluviais e poluição atmosférica (ver aqui).
6. Deve haver mais vantagens: coloque aí nos comentários...

Acho que a redução do consumo de porco  é bastante viável: me parece bem mais fácil do que a redução do consumo do tabaco em lugares públicos e consumo de álcool antes de dirigir, que envolvem substâncias que viciam (ou seja, afetam o sistema dopaminérgico).

E, culturalmente, não deve ser muito difícil: pelo menos no Brasil, o consumo de porco é baixo relativamente à outros animais e os lobbys não são fortes (embora o Brasil seja o terceiro produtor mundial). Em termos culturais, o apoio de certas religiões (judaismo, islamismo, budismo etc) pode ser útil nessa questão. Até hoje não entendo por que os cristãos consomem porco, dado que biblicamente ele é um símbolo de doença Lembram da historinha de Jesus expulsando demônios (vírus de computador mentais?) que alegoricamente escapam para uma manada de porcos?

Hipótese de psicologia evolucionária da religião: 1. Alguns tabus alimentares apenas foram criados para delimitar a comunidade religiosa (tags em jogos de cooperação); 2. Alguns foram sugeridos a partir de uma experiência coletiva com pandemias e pragas; 3. Os tabus que agregam os itens 1 e 2 são os mais presentes na população humana. O porco seria um deles?


Figura da Nature Reviews MicrobiologyTwo of the three pandemic influenza A virus strains during the past century, H2N2 in 1957 (which caused Asian flu) and H3N2 in 1968 (which caused Hong Kong flu), arose from genetic reassortment, in which gene segments from an avian virus were mixed with genetic material from a co-infecting human virus, probably through an intermediate host, such as a pig (the mixing vessel theory). The haemagglutinin (HA) of human influenza A viruses has a binding preference for cell receptors that contain 2-6-linked sialic-acid moieties, whereas avian viruses bind preferentially to 2-3-linked sialic acids moieties. The respiratory epithelial cells of pigs have receptors that express both 2-3- and 2-6-linked sialic-acid moieties, and can be infected by both human and avian viruses. The resulting viral progeny will either be intact avian or human virus, which can only infect their respective hosts or, if reassortment yields functional virus (usually swapped HA, PB2 and/or neuraminidase (NA)), a new pandemic strain might emerge with the ability to retain efficient human-to-human transfer, but be sufficiently different (for example, by a species change in HA) to reduce the ability of the host to mount an effective immune response. PB2, polymerase basic-2 protein.

A gripe suína vai chegar no Brasil...


Em um mundo onde cada vez se viaja mais, com uma rede de aeroportos tipo mundo pequeno livre de escala, é simplesmente impossível que a gripe suína não chegue ao Brasil, especialmente dado que estamos no início da temporada de inverno de gripe (o que não é o caso do México!). 

E não consigo imaginar que teremos um atendimento médico melhor que o México. Se a taxa de 1 para 15 mortes se confirmar, vai ser um belo estrago. Como a USP aqui de Ribeirão (bem como outras universidades) é uma porta para visitantes internacionais, além do HC que  vai centralizar o atendimento na região, eu acho que poderei ver essa coisa de perto. Dá pra sentir um friozinho na barriga, imaginando o que Newton sentiu quando fugiu da peste em 1666. 

Engraçado que não temo por mim, mas apenas por minhas crianças. Andei considerando que seria interessante mandá-las para a casa de algum parente em uma cidadezinha isolada mas que tenha atendimento médico razoável. 

Este post não é alarmista, mas sinto que a gravidade da situação está representada na mídia da mesma forma que a gravidade do linfoma da Dilma: declarações reticentes de governantes e médicos não aumentam nossa confiança...

OK, OK, deixemos o lado pessoal e vamos para o lado científico: aqui você pode acompanhar uma descrição com update diário (ou mais rápido!) do surto de 2009, na wikipédia. Daqui a alguns anos, teremos a versão confiável da Enciclopédia Britânica, mas e daí?


Na barra lateral, um quadro do Technorati com update diário automático com o número de posts contendo a tag "suine flu", "H1N1" e "pandemia".

Talvez fosse interessante adaptar os modelos de propagação de atividade em meios excitáveis em diversos tipos de redes, que Mauro Copelli, seus estudantes e eu temos trabalhado, para a pandemia suína... Interessante que Mauro também já trabalhou com modelos de imunologia.

Dado que os surtos se extinguem, o sistema global é crítico ou subcrítico. Os surtos seriam avalanches (imagino que exista uma lei de potência para pandemias), os focos iniciais seriam nosso processo de Poisson com taxa baixa e os demais parâmetros do modelo correspondem bem às probabilidades de transmissão, tempo de recuperação do doente, tempo refratário de imunização etc. Mauro?


segunda-feira, abril 27, 2009

Sistemas dinâmicos em poesia



Embora não exista nada de novo abaixo do sol, a seguinte idéia acho que é minha (por enquanto): fazer poemas usando os tradutores da internet.



O jeito é o seguinte: comece com seu poeminha ruinzinho e coloque num tradutor (vou usar aqui o Google translator com traduções inglês-português). Seja P1 a primeira versão em portugues, I1 a primeira versão em inglês, Pj a j-ésima versão em português, etc.

Eu proponho um método iterativo onde você faz uma tradução sequencial P1 -> I1 -> P2 -> I2 -> ... Pj -> Ij -> etc... até o processo convergir. Isso equivale a atingir um estado estacionário tipo "ponto fixo" na teoria de sistemas dinâmicos.

Vejamos um exemplo (as palavras em vermelho foram mudadas pelo tradutor):

Eu não voltarei

Juan Ramón Jiménez


(P1) Eu não voltarei. E a noite
morna, serena, calada,
adormecerá tudo, sob
sua lua solitária.
Meu corpo estará ausente,
e pela janela alta
entrará a brisa fresca
a perguntar por minha alma.

(I1) I do not come back. And the night
warm, calm, quiet,
all sleeping under
its solitary moon.
My body is absent,
and the high window
enter the fresh breeze
to ask for my soul.

(P2) Eu não voltaria. E a noite
calorosa, calma, calma,
todos dormindo sob
sua lua solitária.
Meu corpo está ausente,
e os altos janela
introduza a brisa fresca
para pedir a minha alma.


(I2) I do not come back. And the night
warm, calm, calm,
all sleeping under
its solitary moon.
My body is absent,
and the high window
enter the fresh breeze
to ask for my soul.

(p3) Eu não voltaria. E a noite
calorosa, calma, calma,
todos dormindo sob
sua lua solitária.
Meu corpo está ausente,
e os altos janela
introduza a brisa fresca
para pedir a minha alma.

OK, ficou meio estranho no final, você pode também dizer que o poema original era mais bonito... Essa é uma boa pergunta: será que por efeitos entrópicos, o poema final (o ponto fixo dinâmico) é sempre inferior esteticamente ao poema original? O poema original precisa necessariamente do demônio de Maxwell da consciência?

Tentemos de novo:

(P1) É pau, é pedra, é o fim do caminho...
(I1) It is wood, and stone, is the end of the road ...
(P2) Trata-se de madeira e pedra, é o fim da estrada ...
(I2) It is wood and stone, is the end of the road ... (eliminou a vírgula!)
(P3) Trata-se de madeira e pedra, é o fim da estrada ...

OK, OK, um dia desses publico algo melhor.

Interessante que o google translator é bem eficiente (no sentido que converge rápido para o ponto fixo) enquanto que outros tradutores são bem mais lentos. Será que o número de ciclos até a convergência poderia ser uma medida de eficiência dos tradutores?

Frustrado com o inglês, tentei o verso do Jobim para japonês... O ponto fixo não perdeu muito, lembra poesia Haikai:

Madeira, pedra, fim do caminho ...

Alguém topa brincar com isso (sistemas dinâmicos aplicado à geração de poesia?)


Deu na Ciência Hoje: blogosfera científica brasileira decolando!


Unidos, venceremos! 
Reportagem destaca expansão sem precedentes dos blogs sobre ciência do Brasil


A criação do ScienceBlogs Brasil é sintomática do bom momento de nossa blogosfera científica, mas não é a única iniciativa do gênero no país. No mesmo espírito, existe desde agosto de 2006 a Roda de Ciência, blog coletivo cujas postagens dão destaque a textos originais dos blogs individuais dos 23 participantes. “A proposta era aproximar os blogs de ciência e juntar mentes para gerar novas ideias”, define a bióloga Maria Guimarães, criadora da Roda. As postagens são pautadas por um tema periódico, escolhido por votação e divulgado pelo moderador. 

Na mesma linha, o 
Anel de Blogs Científicos é outro exemplo de condomínio de blogs de ciência em língua portuguesa. Vinculada ao Departamento de Física e Matemática da USP (campus de Ribeirão Preto), a iniciativa envolve 130 participantes de Brasil e Portugal. 

Outro exemplo do dinamismo que agita a blogosfera científica brasileira foi a realização, no início de dezembro de 2008, do I Encontro de Weblogs Científicos em Língua Portuguesa (aqui estão os ppt das palestras). Apesar da dimensão modesta – o evento reuniu cerca de 15 blogueiros –, a iniciativa ajudou a firmar os laços que unem esses divulgadores e permitiu discutir estratégias para melhorar a visibilidade dos blogs de ciência. 

Essas iniciativas mostram que temos hoje um quadro bastante diferente daquele que havia em 2005, quando a 
CH On-line publicou sua primeira reportagem sobre a blogosfera científica brasileira, marcada por iniciativas isoladas. A criação de condomínios como o ScienceBlogs Brasil e a Roda de Ciência mostra que os blogs estão em franca expansão desde então. 


Bom, até que enfim parece que estamos decolando. Mas parece que o ABC precisa ser melhor divulgado (lembrar ao Zedy). Afinal, a proposta do ABC é ser um portal dos blogs de língua portuguesa (precisamos urgente encontrar blogs lusófonos da África e Ásia!). Ou seja, não é um ScienceBlogs Brazil (uma piscadela para o Hotta, Átila e demais blogueiros amigos), é um portal de blogs científicos em português...

Dias atrás fiquei muito feliz com um acontecimento. Mariana (15) minha filha disse que lia o blog de uma amiga da escola. Ela me mostrou o blog migucho, com uma boa estética Wordpress. Qual foi minha surpresa em ver que, entre apenas os seis links no blogroll, estava o Brontossauros em Meu Jardim, do Carlos Hotta. Parabéns aí, Carlos! Acho que esse link vale mais que dúzias de links vindos de adultos... É um sinal de que a humanidade ainda não está perdida.

Daí eu sugeri que Mariana enviasse para sua amiga o link do Xis-Xis (afinal, ciência é coisa de mulherzinha, como diz a Isis). E também o link do ABC, mas não sei se a amiga incorporou isso. Hoje vou conferir e coloco o link do blog por aqui...



Obama e Spock


OK, OK, eu acababo o relatório para a CERT-USP e o CNPq daqui a pouco. Mas como estou cansado e faz tempo que não blogo algo leve, aqui vai mais um post sobre FC.


We’re All Trekkies Now

Steve Daly, NEWSWEEK.

(...)

It's the Spock plot strands that give the new "Trek" its best shot at once again commanding the zeitgeist. Spock's cool, analytical nature feels more fascinating and topical than ever now that we've put a sort of Vulcan in the White House. All through the election campaign, columnists comparedPresident Obama's unflappably logical demeanor and prominent ears with Mr. Spock's. But as Spock's complicated racial backstory is spun out in detail in the new "Trek"—right back into childhood—the Obama parallels keep deepening. Like Obama, Spock is the product of a mixed marriage (actually, an interstellar mixed marriage), and he suffers blunt manifestations of prejudice as a result. As played by Zachary Quinto, the young Spock loves his human mother, but longs to assimilate completely into his Vulcan father Sarek's ways, eschewing messy emotions the way all Vulcans do. Young Spock is constantly being told by Vulcans and humans alike that he's either seething with inappropriate emotions—indeed, he takes Kirk by the throat at one point—or that he's not emotional enough and shouldn't be so repressed. Obama may or may not be a fan—the White House says he isn't, but Trekkies have claimed him as one of their breed ever since he said, "I grew up on 'Star Trek'—I believe in the final frontier," at a campaign stop last year. If he does check out the new movie, I can imagine he might feel a special empathy for Spock's position, given the chattering class's insistence that he needs to show more emotion, too.

There's one more intriguing allegorical overtone to the new "Trek," perhaps completely accidental. With the willfully hegemonic Bush administration now gone, the tenets of Roddenberry's fictional universe feel very much in step with current events. Whether you're happy about it or not, the Obama foreign policy, at least for now, emphasizes cross-cultural exchange and eschews imperialistic swagger. That sounds very much in sync with the Federation's Prime Directive, which stipulates that humanity should observe but never interfere with alien cultures (no Iraq-style invasions, in other words).

(...)

Nova Edição da Trilogia Fundação



Da lista do CLFC:

Deu na lista do CLFC no Orkut:
Sai mesmo em 2009 pela Aleph.
R$39,00 cada volume.
A trilogia podera' ser adquirida em tres livros separados, ou em um box
especial, contendo os tres volumes.
Capas:
-Fundação
Tradução de Fábio Fernandes (com Marcelo Barbão)
http://farm4.static.flickr.com/3576/3433144262_ff8f7b284f_o.jpg
-Fundação e Império
Tradução de Fábio Fernandes (com Marcelo Barbão)
http://farm4.static.flickr.com/3581/3433143988_0731aaf8b4_o.jpg
-Segunda Fundação
Tradução de Marcelo Barbão
http://farm4.static.flickr.com/3332/3432332597_5f789bddb5_o.jpg
Abs,
Eduardo Torres

PS: Tenho uma coleção de quatro cassetes embalados com o Forward the Fundation. Uma
performance muito boa do ator que faz as vozes de todos os personagens, em uma dicção muito clara e que pode também interessar quem quiser treinar o inglês.

Imagino que seja fácil transformar os cassetes em CDs.

Se alguém se interessar, estou vendendo por R$ 20,00

quinta-feira, abril 23, 2009

Ciência e Religião 2.0


Ontem apresentei a versão bastante mudada da palestra "Ciência e Religião", curso de difusão cultural aqui no DFM-FFCLRP-USP. A versão 2.0 em PDF pode ser encontrada aqui.

Está ficando cada vez mais claro que um grande problema para a Divulgação Científica, especialmente no caso dos blogs opinativos, é como se situar dentro da polarização ideológica entre neo-teístas (por exemplo os cientistas ganhadores do prêmio Templeton) e neo-ateístas (Dawkins, Dennet, Harris etc).

Uma coisa curiosa que noto é que a grande maioria dos novos teístas são físicos enquanto que a maioria dos novos ateístas são biólogos. Para provocar meus amigos biólogos, menciono uma frase de John D. Barrow em um debate com Richard Dawkins: "Richard, o problema com você é que você não é um cientista. Você é um biólogo."

Eu tenho uma solução provisória que seria a de os jornalistas de ciência e blogueiros terem uma abordagem crítica e informativa, com maior profundidade histórica e filosófica, desmitificando argumentos dos dois campos.

Por exemplo, quando criticamos a Teoria da Terra Jovem (literalismo bíblico), acho que uma melhor idéia não é apenas apresentar as evidências que a contradizem (isso seria o nível básico da informação científica) mas também mostrar que a Teoria é irrefutável pois equivale à Teoria da Matrix = este mundo é uma ilusão criada por um Deus tecnológico, uma grande simulação que poderia ter se iniciado não apenas há 6.000 anos atrás, mas sim há 6 dias atrás... Este tipo de teoria meio solipsista é irrefutável e portanto não científica a priori.

Do mesmo modo, o mito de que cientistas teriam sido mortos ou torturados pela Inquisição precisa ser desmitificado. É um mito inventado pelos iluministas do século XVIII como propaganda mas não possui a menor base histórica. Por exemplo, Giordano Bruno não era um cientista, nem exatamente um livre-pensador, mas sim um mago renascentista que via no Heliocentrismo o sinal de uma Nova Era onde o culto ao deus Sol egípcio Aton iria derrubar o cristianismo. Foi condenado por suas opiniões teológicas (que configuravam opiniões político-ideológicas) e não exatamente por suas opiniões científicas.

Outro exemplo é o caso Galileu, ver aqui, que os historiadores modernos consideram uma anomalia nas relações Igreja e Ciência (porque na época a Igreja patrocinava fortemente as pesquisas científicas e as artes em geral). Galileu era bastante sarcástico e acabou granjeando muitos inimigos dentro e fora da Igreja, mesmo entre universitários seculares. Alguns desses inimigos formam um complô para prejudicá-lo, e o meio para isso na época é denunciá-lo por heresia.

Deve-se lembrar que o Tribunal da Inquisição só tinha autoridade sobre católicos confessos (como era o caso de Galileu) e a discussão sobre o Heliocentrismo no caso Galileu era se ele tinha o direito de ensiná-lo como teoria comprovada ou como teoria especulativa. O cardeal Belarmino tinha uma visão instrumentalista da ciência (como a maior parte dos cientistas hoje) onde uma teoria científica é um modelo da realidade, mas não uma visão com acesso direto à realidade. Já Galileu era um realista convicto, pré-Kantiano.

Galileu afirmava que o Heliocentrismo estava comprovado (mas naquele momento realmente ainda não estava, pois não havia eliminado explicações e teorias alternativas). Sua versão do Heliocentrismo era empiricamente deficiente: órbitas circulares em vez de Keplerianas, que produziam previsões empíricas piores do que o sistema Ptolomaico. E a falta de efeitos de paralaxe nas estrelas (uma previsão do Heliocentrismo) parecia constituir uma forte evidência contra o modelo.

A natureza dos fenômenos astronômicos observados pelo telescópio também não era clara, pois ele não tinha uma teoria de como o telescópio funcionava (tópico bastante discutido por Thomas Kuhn): ou seja, para os céticos da época (o pessoal das universidades) o telescópio seria como uma máquina Kirlian cujas fotos "provariam" a existência da aura (o que não é o caso...). Também os céticos hoje não ficam perdendo seu tempo com máquinas Kirlian. A presença de efeitos de distorção cromática não ajudava muito seu caso: como distinguir os fenômenos reais das ilusões de ótica?

Uma coisa que aprendi esses dias foi que, na verdade, o principal fator que impediu a aceitação do Heliocentrismo foi a reputação de Ticho Brahe como astrônomo e sua defesa do seu modelo híbrido geocêntrico. Foi Ticho que também chamou a atenção da falta de paralaxe estelar como argumento contra o Helicentrismo. Esse fator, pelo que conheço do meio universitário, parece bastante plausível...

O esclarecimento de certos mitos e inverdades históricas seria um tema interessante para a Divulgação Científica. Lembro como achei um absurdo Marcelo Gleiser afirmar em seu primeiro livro que o Aristotelismo dominou o Ocidente por mil anos, dado que Aristóteles só foi redescoberto no Ocidente através da tradução dos trabalhos do filósofo árabe Averroes no século XIII.

E assim vai... Que tal este desafio, amigos blogueiros? Em nossos posts, nunca mostrasmos um conhecimento de história da ciência inferior ao que pode ser encontrado facilmente na Wikipedia? Acho que esse é o nível mínimo que podemos estabelecer para nós mesmos...